鹏复生物医药由深圳市区政府引导基金和社会资本联合出资，共包括深圳市引导基金投资有限公司、深圳市坪山区引导基金投资有限公司、复星医药产业发展（深圳）有限公司等10家企业共同出资。其中，复星系企业出资占比30%，深圳市区政府引导基金出资占比达70%。